经国家自然科学基金学科组评审专家严格遴选，2009年度国家自然科学基金项目评审结果揭晓，我校有16项项目获得资助，资助经费385.5万元。从研究领域分布看，生命科学部12项，信息科学部1项，化学科学部1项，管理科学部2项；从院系分布看，农学院8项，经贸学院2项，动科院、园林院、工学院、理学院、生工院、软件学院各1项。具体资助情况如下：
| 序号 | 项目名称 | 批准号 | 主持人 | 项目类别 | 经费 万元 |
| 1 | 小菜蛾呋喃虫酰肼抗性种群化学通讯系统适合度代价的研究 | 30971909 | 魏洪义 | 面上项目 | 34 |
| 2 | 水果中有害重金属元素的激光诱导击穿光谱无损检测技术研究 | 30972052 | 刘木华 | 面上项目 | 26 |
| 3 | 黑纹粉蝶夏季滞育和冬季滞育热休克蛋白(Hsps)基因差别表达的研究 | 30900946 | 肖海军 | 青年科学基金项目 | 19 |
| 4 | 链霉菌702所产抗真菌物质的化学结构的鉴定 | 30960011 | 魏赛金 | 地区科学基金项目 | 23 |
| 5 | 14C标记氰（C2N2）在土壤中的吸附与转化 | 30960081 | 李保同 | 地区科学基金项目 | 22 |
| 6 | 退化红壤生态系统恢复：地下微生物多样性和碳氮循环过程与地上生产力的联系 | 30960312 | 刘苑秋 | 地区科学基金项目 | 23 |
| 7 | 水稻茉莉酸生物合成关键酶基因OsOPR7表达与颖花开放的关系 | 30960180 | 曾晓春 | 地区科学基金项目 | 28 |
| 8 | 土壤酸化对双季稻根系生长与氮素吸收的影响及其机理研究 | 30960186 | 曾勇军 | 地区科学基金项目 | 24 |
| 9 | 穗枯病菌诱导的野生车前草抗性相关基因克隆及功能分析 | 30960213 | 蒋军喜 | 地区科学基金项目 | 23 |
| 10 | 利用基因芯片进行检疫实蝇的高通量快速鉴定 | 30960223 | 王建国 | 地区科学基金项目 | 28 |
| 11 | NDOs对锦江黄牛瘤胃微生物生长、发酵、组成影响及适宜添加量与组合研究 | 30960254 | 瞿明仁 | 地区科学基金项目 | 24 |
| 12 | 多年生黑麦草高温胁迫的解剖学与细胞化学研究 | 30960263 | 李德荣 | 地区科学基金项目 | 22.5 |
| 13 | 三出口萃取工艺的最优化理论研究 | 20961003 | 钟盛华 | 地区科学基金项目 | 22 |
| 14 | 基于生理生态的虚拟水稻三维动态建模及可视化表达 | 60963013 | 何火娇 | 地区科学基金项目 | 21 |
| 15 | 劳动力输出大省农民工返乡创业的影响因素与政府扶持机制研究－以江西为例 | 70963005 | 朱红根 | 地区科学基金项目 | 22 |
| 16 | 林业产权交易市场及其制度与机制研究-以江西为例 | 70963006 | 曹建华 | 地区科学基金项目 | 24 |
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